Ce script lit des définitions d'analyses cliniques contenant des listes de covariables brutes. Il éclate ces listes (parsing) pour traiter chaque covariable individuellement (attribution de types), les trie, puis les réassemble en une chaîne de caractères normalisée pour chaque analyse.
Analyse des données
Type : CREATION_INTERNE
Les données sont créées directement dans le script via une étape DATALINES dans la table 'cov0'.
1 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Création de la table initiale contenant les noms des analyses d'efficacité et les listes brutes de covariables associées.
Création de la table initiale contenant les noms des analyses d'efficacité et les listes brutes de covariables associées.
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| 1 | DATA cov0; |
| 2 | INPUT efficacy $ 1-51 |
| 3 | covlist_orig $ 52 - 110; |
| 4 | covlist_orig=compress(covlist_orig); |
| 5 | DATALINES; |
| 6 | Rate of COPD Exacerbation FEV1POST, LBASEEOS, BASEEXAC, REGION, ICSUSE |
| 7 | Time to first COPD Exacerbation FEV1POST, LBASEEOS, BASEEXAC, REGION, ICSUSE |
| 8 | /* ... (données tronquées pour lisibilité) ... */ |
| 9 | FEV1 AUC0-4 BASE, LBASEEOS, PBREV, ICSUSE |
| 10 | ; |
| 11 | RUN; |
2 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Transformation de la structure 'large' vers 'longue'. La boucle parse la chaîne 'covlist_orig' pour extraire chaque covariable dans une nouvelle observation. Un type est assigné conditionnellement (1 ou 2) selon le nom de la covariable.
Transformation de la structure 'large' vers 'longue'. La boucle parse la chaîne 'covlist_orig' pour extraire chaque covariable dans une nouvelle observation. Un type est assigné conditionnellement (1 ou 2) selon le nom de la covariable.
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| 1 | DATA cov1 (drop=i); |
| 2 | SET cov0; |
| 3 | |
| 4 | analysis=_n_; |
| 5 | |
| 6 | i=1; |
| 7 | |
| 8 | DO while(scan(covlist_orig, i, ',') ^= ' '); |
| 9 | cov = strip(scan(covlist_orig, i, ',')); |
| 10 | |
| 11 | IF cov in ('BASEEXAC' 'ICSUSE' 'REGION') THEN type=2; |
| 12 | ELSE type=1; |
| 13 | |
| 14 | i+1; |
| 15 | OUTPUT; |
| 16 | END; |
| 17 | RUN; |
3 Bloc de code
PROC SORT
Explication :
Tri des covariables par identifiant d'analyse, puis par type calculé précédemment et enfin par nom de covariable.
Tri des covariables par identifiant d'analyse, puis par type calculé précédemment et enfin par nom de covariable.
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| 1 | PROC SORT DATA=cov1; |
| 2 | BY analysis type cov; |
| 3 | RUN; |
4 Bloc de code
PROC FREQ
Explication :
Analyse de fréquence simple pour lister les occurrences de chaque covariable individuelle extraite.
Analyse de fréquence simple pour lister les occurrences de chaque covariable individuelle extraite.
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| 1 | PROC FREQ DATA=cov1; |
| 2 | tables cov; |
| 3 | RUN; |
5 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Reconstruction de la liste de covariables (transformation inverse vers structure 'large'). Utilise RETAIN et CATX pour concaténer les covariables triées en une seule chaîne par analyse.
Reconstruction de la liste de covariables (transformation inverse vers structure 'large'). Utilise RETAIN et CATX pour concaténer les covariables triées en une seule chaîne par analyse.
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| 1 | DATA covlist; |
| 2 | SET cov1; |
| 3 | BY analysis; |
| 4 | LENGTH covlist $ 100; |
| 5 | |
| 6 | retain covlist; |
| 7 | |
| 8 | IF first.analysis THEN call missing(covlist); |
| 9 | covlist=catx(', ', covlist, cov); |
| 10 | |
| 11 | IF last.analysis; |
| 12 | RUN; |
6 Bloc de code
PROC PRINT
Explication :
Affichage de la table finale contenant l'identifiant de l'analyse et la liste de covariables reconstruite et triée.
Affichage de la table finale contenant l'identifiant de l'analyse et la liste de covariables reconstruite et triée.
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| 1 | |
| 2 | PROC PRINT |
| 3 | DATA=covlist; |
| 4 | var analysis covlist; |
| 5 | RUN; |
| 6 |
7 Bloc de code
PROC FREQ
Explication :
Rapport final croisant la liste reconstruite, l'identifiant d'analyse et l'efficacité pour vérification.
Rapport final croisant la liste reconstruite, l'identifiant d'analyse et l'efficacité pour vérification.
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| 1 | |
| 2 | PROC FREQ |
| 3 | DATA=covlist; |
| 4 | |
| 5 | tables covlist*analysis*efficacy/list missing nopercent; |
| 6 | RUN; |
| 7 |
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Le Conseil de l'Expert
Stéphanie
Spécialiste Machine Learning et IA.
« Ce type de programme est le moteur invisible des « macros-pilotes » de haut niveau. Pour optimiser encore ce flux, je recommanderais d'exporter la table covlist finale vers une table de paramètres globale. Cela permettrait d'appeler dynamiquement la macro-variable &covlist dans vos procédures statistiques, garantissant qu'aucune modification manuelle n'est effectuée entre la spécification et l'exécution. »