Graphique Caterpillar avec PROC MCMC

Le script génère d'abord un jeu de données 'seeds' contenant des résultats de germination. Il utilise ensuite la procédure `PROC MCMC` pour ajuster un modèle binomial avec une fonction de lien logit et des effets aléatoires ('delta'). Les échantillons de la distribution a posteriori sont sauvegardés dans la table 'postout'. Une macro `%CATER` est appelée pour créer le graphique Caterpillar des effets aléatoires. Enfin, une étape `PROC TEMPLATE` est utilisée pour consulter la source du modèle graphique associé.

Analyse des données

Type : CREATION_INTERNE

Les données utilisées ('seeds') sont créées directement dans le script via une étape DATA utilisant l'instruction DATALINES.

1 Bloc de code

DATA STEP Data

Explication :
Crée le jeu de données 'seeds' contenant les variables r, n, seed, extract et un identifiant d'observation 'ind'. Les données sont incluses directement dans le code.

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1	DATA seeds;
2	INPUT r n seed extract;
3	ind = _N_;
4	DATALINES;
5	10 39 0 0 23 62 0 0 23 81 0 0 26 51 0 0
6	17 39 0 0 5 6 0 1 53 74 0 1 55 72 0 1
7	32 51 0 1 46 79 0 1 10 13 0 1 8 16 1 0
8	10 30 1 0 8 28 1 0 23 45 1 0 0 4 1 0
9	3 12 1 1 22 41 1 1 15 30 1 1 32 51 1 1
10	3 7 1 1
11	;

2 Bloc de code

PROC MCMC Data

Explication :
Exécute une analyse bayésienne (MCMC) sur les données 'seeds'. Définit un modèle logistique binomial avec des effets aléatoires 'delta'. Les échantillons a posteriori sont stockés dans 'postout'. L'affichage des résultats est temporairement désactivé pour optimiser l'exécution.

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1	ods select none;
2	PROC MCMC DATA=seeds outpost=postout seed=332786 nmc=20000;
3	parms beta0 0 beta1 0 beta2 0 beta3 0 s2 1;
4	prior s2 ~ igamma(0.01, s=0.01);
5	prior beta: ~ general(0);
6	w = beta0 + beta1seed + beta2extract + beta3seedextract;
7	random delta ~ normal(w, var=s2) subject=ind;
8	pi = logistic(delta);
9	model r ~ binomial(n = n, p = pi);
10	RUN;
11	ods select all;

3 Bloc de code

Macro Call

Explication :
Appelle la macro `%CATER` (supposée définie dans l'environnement ou une bibliothèque d'autocall) pour générer le graphique Caterpillar des variables commençant par 'delta' à partir du jeu de données 'postout'.

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1	%CATER(DATA=postout, var=delta:);

4 Bloc de code

PROC TEMPLATE

Explication :
Affiche le code source du modèle de graphique ODS 'Stat.MCMC.Graphics.Caterpillar' stocké dans 'sashelp.tmplmst', permettant d'inspecter la définition du graphique utilisé.

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1	PROC TEMPLATE;
2	path sashelp.tmplmst;
3	SOURCE Stat.MCMC.Graphics.Caterpillar;
4	RUN;

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