Exemple de documentation 2 pour PROC LIFETEST

Le script utilise le jeu de données 'Sashelp.BMT' (Bone Marrow Transplant) pour effectuer des analyses de survie. Il démontre comment afficher le tableau des sujets à risque sous le graphique de survie, effectuer des tests de Log-rank avec ajustement de Sidak pour les comparaisons multiples, et comparer des groupes à un groupe de contrôle spécifique. Il montre également comment utiliser PROC FORMAT et une étape DATA pour reclasser les strates dans un ordre spécifique (non alphabétique) pour les graphiques, et comment ajouter des bandes de confiance de Hall-Wellner.

Analyse des données

Type : SASHELP

Le script utilise la table standard 'Sashelp.BMT'. Une table dérivée temporaire 'Bmt2' est créée pour illustrer la manipulation de l'ordre des strates via des formats.

1 Bloc de code

PROC PRINT

Explication :
Affiche les 10 premières observations de la table Sashelp.BMT pour un aperçu des données.

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1	PROC PRINT DATA=Sashelp.BMT(obs=10);
2	RUN;

2 Bloc de code

PROC LIFETEST

Explication :
Active ODS Graphics. Exécute une analyse de survie de Kaplan-Meier. L'option 'plots=survival(atrisk=...)' affiche le nombre de sujets à risque à des intervalles spécifiques (tous les 500 jours) sous le graphique. L'option 'adjust=sidak' applique un ajustement de Sidak aux p-values du test Log-rank pour les comparaisons multiples entre les groupes.

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1	ods graphics on;
2
3	PROC LIFETEST DATA=sashelp.BMT plots=survival(atrisk=0 to 2500 BY 500);
4	time T * STATUS(0);
5	strata Group / test=logrank adjust=sidak;
6	RUN;

3 Bloc de code

PROC LIFETEST

Explication :
Effectue une analyse comparative sans produire de graphiques ('plots=none'). L'option 'diff=control' compare tous les autres groupes au groupe de contrôle spécifié ('AML-Low Risk') avec ajustement de Sidak.

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1	PROC LIFETEST DATA=sashelp.BMT notable plots=none;
2	time T * STATUS(0);
3	strata Group / test=logrank adjust=sidak diff=control('AML-Low Risk');
4	RUN;

4 Bloc de code

PROC FORMAT

Explication :
Crée un informat '$bmtifmt' pour convertir les chaînes de caractères des groupes en nombres, et un format 'bmtfmt' pour réafficher ces nombres sous forme de libellés. Cela permet de définir un ordre de tri personnalisé.

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1	PROC FORMAT;
2	invalue $bmtifmt 'ALL' = 1 'AML-Low Risk' = 2 'AML-High Risk' = 3;
3	value bmtfmt 1 = 'ALL' 2 = 'AML-Low Risk' 3 = 'AML-High Risk';
4	RUN;

5 Bloc de code

DATA STEP Data

Explication :
Crée une nouvelle table 'Bmt2' basée sur 'Sashelp.BMT'. La variable 'Group' est recréée en numérique en utilisant l'informat défini précédemment, ce qui force l'ordre interne : 1=ALL, 2=Low Risk, 3=High Risk.

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1	DATA Bmt2;
2	SET sashelp.BMT(rename=(Group=G));
3	Group = INPUT(INPUT(G, $bmtifmt.), 1.);
4	label Group = 'Disease Group';
5	FORMAT Group bmtfmt.;
6	RUN;

6 Bloc de code

PROC LIFETEST

Explication :
Exécute l'analyse sur la table triée 'Bmt2'. L'option 'order=internal' utilise les valeurs numériques sous-jacentes (1, 2, 3) pour l'ordre des légendes et des courbes, plutôt que l'ordre alphabétique. L'option 'atrisk(outside maxlen=13)' place la table des sujets à risque à l'extérieur de la zone du graphique et limite la longueur des étiquettes.

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1	PROC LIFETEST DATA=Bmt2 plots=s(atrisk(outside maxlen=13)=0 to 2500 BY 500);
2	time T*STATUS(0);
3	strata Group / order=internal;
4	RUN;

7 Bloc de code

PROC LIFETEST

Explication :
Génère des courbes de survie en panneaux séparés ('strata=panel'). Ajoute les limites de confiance ponctuelles ('cl') et les bandes de confiance de Hall-Wellner ('cb=hw'). Désactive ODS Graphics à la fin.

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1	PROC LIFETEST DATA=Bmt2 plots=survival(cl cb=hw strata=panel);
2	time T * STATUS(0);
3	strata Group/order=internal;
4	RUN;
5
6	ods graphics off;

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