Le script est divisé en quatre analyses principales. Les deux premières utilisent la méthode des tables de survie (METHOD=LIFE) sur des données d'angine de poitrine et de cancer du poumon, où les données sont regroupées en intervalles de temps. La troisième analyse utilise l'estimateur de Kaplan-Meier (METHOD=KM) sur des données de cancer, générant une table de survie en sortie. La dernière analyse porte sur la maladie de Hodgkin et utilise une analyse stratifiée (STRATA) pour comparer les fonctions de survie de deux groupes de patients distincts et les visualiser sur un même graphique.
Analyse des données
Type : CREATION_INTERNE
Toutes les données nécessaires à l'analyse (angina, lungcancer, cancer, hodgkin) sont créées directement dans le script à l'aide d'instructions DATA STEP et de données en ligne (CARDS). Aucune source de données externe n'est requise.
1 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Ce bloc crée la table 'angina' à partir de données internes. Les variables sont 'time' (temps), 'censor' (indicateur de censure), et 'rep' (fréquence). L'opérateur '@@' permet de lire plusieurs observations sur une même ligne de données.
Ce bloc crée la table 'angina' à partir de données internes. Les variables sont 'time' (temps), 'censor' (indicateur de censure), et 'rep' (fréquence). L'opérateur '@@' permet de lire plusieurs observations sur une même ligne de données.
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| 1 | DATA angina; |
| 2 | INPUT time censor rep @@; |
| 3 | CARDS; |
| 4 | 0.5 1 456 0.5 0 0 1.5 1 226 1.5 0 39 |
| 5 | 2.5 1 152 2.5 0 22 3.5 1 171 3.5 0 23 |
| 6 | 4.5 1 135 4.5 0 24 5.5 1 125 5.5 0 107 |
| 7 | 6.5 1 83 6.5 0 133 7.5 1 74 7.5 0 102 |
| 8 | 8.5 1 51 8.5 0 68 9.5 1 42 9.5 0 64 |
| 9 | 10.5 1 43 10.5 0 45 11.5 1 34 11.5 0 53 |
| 10 | 12.5 1 18 12.5 0 33 13.5 1 9 13.5 0 27 |
| 11 | 14.5 1 6 14.5 0 23 15.5 1 0 15.5 0 30 |
| 12 | ; |
| 13 | RUN; |
2 Bloc de code
PROC LIFETEST
Explication :
Exécute une analyse de survie sur la table 'angina' en utilisant la méthode des tables de mortalité (METHOD=LIFE) avec des intervalles spécifiés. Elle génère des graphiques pour la fonction de survie (S) et la fonction de risque (H). L'instruction TIME définit la variable de temps et l'indicateur de censure (valeur 0). L'instruction FREQ spécifie la variable de fréquence.
Exécute une analyse de survie sur la table 'angina' en utilisant la méthode des tables de mortalité (METHOD=LIFE) avec des intervalles spécifiés. Elle génère des graphiques pour la fonction de survie (S) et la fonction de risque (H). L'instruction TIME définit la variable de temps et l'indicateur de censure (valeur 0). L'instruction FREQ spécifie la variable de fréquence.
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| 1 | PROC LIFETEST DATA=angina METHOD=LIFE |
| 2 | INTERVALS= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 |
| 3 | PLOTS=(S, H) |
| 4 | GRAPHICS; |
| 5 | TIME time*censor(0); |
| 6 | FREQ rep; |
| 7 | RUN; |
3 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Crée la table 'lungcancer' de la même manière que la table 'angina', contenant des données de survie pour le cancer du poumon.
Crée la table 'lungcancer' de la même manière que la table 'angina', contenant des données de survie pour le cancer du poumon.
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| 1 | DATA lungcancer; |
| 2 | INPUT time censor rep @@; |
| 3 | CARDS; |
| 4 | 0.5 1 82 0.5 0 0 1.5 1 30 1.5 0 8 |
| 5 | 2.5 1 27 2.5 0 8 3.5 1 22 3.5 0 7 |
| 6 | 4.5 1 26 4.5 0 7 5.5 1 25 5.5 0 28 |
| 7 | 6.5 1 20 6.5 0 31 7.5 1 11 7.5 0 32 |
| 8 | 8.5 1 14 8.5 0 24 9.5 1 13 9.5 0 27 |
| 9 | 10.5 1 5 10.5 0 22 11.5 1 5 11.5 0 23 |
| 10 | 12.5 1 5 12.5 0 18 13.5 1 2 13.5 0 9 |
| 11 | 14.5 1 3 14.5 0 7 15.5 1 3 15.5 0 11 |
| 12 | ; |
| 13 | RUN; |
4 Bloc de code
PROC LIFETEST
Explication :
Réalise la même analyse de survie que précédemment, mais sur la table 'lungcancer'.
Réalise la même analyse de survie que précédemment, mais sur la table 'lungcancer'.
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| 1 | PROC LIFETEST DATA=lungcancer METHOD=LIFE |
| 2 | INTERVALS= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 |
| 3 | PLOTS=(S, H) |
| 4 | GRAPHICS; |
| 5 | TIME time*censor(0); |
| 6 | FREQ rep; |
| 7 | RUN; |
5 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Crée la table 'cancer' avec des temps de survie individuels et un indicateur de censure, préparant les données pour une analyse de type Kaplan-Meier.
Crée la table 'cancer' avec des temps de survie individuels et un indicateur de censure, préparant les données pour une analyse de type Kaplan-Meier.
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| 1 | DATA cancer; |
| 2 | INPUT time censor @@; |
| 3 | CARDS; |
| 4 | 2.0 1 4.0 1 5.0 1 10.0 1 |
| 5 | 10.0 0 12 1 12 0 14 1 |
| 6 | 14 1 15 1 16 0 18 1 |
| 7 | 19 0 23 1 25 1 26 0 |
| 8 | 27 1 30 0 31 1 34 1 |
| 9 | 35 1 37 0 38 1 39 1 |
| 10 | 42 0 43 0 46 1 47 0 |
| 11 | 49 1 50 1 53 0 54 0 |
| 12 | ; |
| 13 | RUN; |
6 Bloc de code
PROC LIFETEST
Explication :
Effectue une analyse de survie avec l'estimateur de Kaplan-Meier (METHOD=KM). Elle génère un graphique de la courbe de survie et sauvegarde les estimations de survie dans une nouvelle table nommée 'a' grâce à l'option 'outsurv=a'.
Effectue une analyse de survie avec l'estimateur de Kaplan-Meier (METHOD=KM). Elle génère un graphique de la courbe de survie et sauvegarde les estimations de survie dans une nouvelle table nommée 'a' grâce à l'option 'outsurv=a'.
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| 1 | |
| 2 | PROC LIFETEST |
| 3 | DATA=cancer METHOD=KM PLOTS=survival graphics outsurv = a; |
| 4 | TIME time*censor(0); |
| 5 | |
| 6 | RUN; |
| 7 |
7 Bloc de code
PROC PRINT
Explication :
Affiche le contenu de la table 'a', qui contient les résultats détaillés de l'estimation de la fonction de survie calculée par l'étape PROC LIFETEST précédente.
Affiche le contenu de la table 'a', qui contient les résultats détaillés de l'estimation de la fonction de survie calculée par l'étape PROC LIFETEST précédente.
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| 1 | PROC PRINT DATA = a; |
| 2 | RUN; |
8 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Crée la table 'hodgkin' contenant des données sur la maladie de Hodgkin. Elle inclut la variable 'group' qui permet de distinguer deux cohortes de patients différentes.
Crée la table 'hodgkin' contenant des données sur la maladie de Hodgkin. Elle inclut la variable 'group' qui permet de distinguer deux cohortes de patients différentes.
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| 1 | DATA hodgkin; |
| 2 | INPUT time censor group @@ ; |
| 3 | CARDS; |
| 4 | 1 1 1 2 1 1 5 1 1 5 1 1 5 1 1 |
| 5 | 7 1 1 9 1 1 11 1 1 11 1 1 13 1 1 |
| 6 | 13 1 1 16 1 1 20 1 1 21 1 1 22 0 1 |
| 7 | 22 1 1 31 0 1 33 0 1 37 0 1 43 1 1 |
| 8 | 1 1 2 3 1 2 4 1 2 4 1 2 5 1 2 7 1 2 |
| 9 | 7 1 2 9 1 2 9 1 2 14 0 2 17 1 2 19 0 2 |
| 10 | 27 0 2 30 0 2 41 0 2 |
| 11 | ; |
| 12 | RUN; |
9 Bloc de code
PROC LIFETEST
Explication :
Réalise une analyse de survie stratifiée sur la table 'hodgkin'. L'instruction 'STRATA group' demande à la procédure de calculer et de tester des fonctions de survie distinctes pour chaque valeur de la variable 'group', permettant de comparer les deux groupes de patients. Les instructions SYMBOL personnalisent l'apparence des lignes sur le graphique de survie.
Réalise une analyse de survie stratifiée sur la table 'hodgkin'. L'instruction 'STRATA group' demande à la procédure de calculer et de tester des fonctions de survie distinctes pour chaque valeur de la variable 'group', permettant de comparer les deux groupes de patients. Les instructions SYMBOL personnalisent l'apparence des lignes sur le graphique de survie.
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| 1 | PROC LIFETEST DATA=hodgkin PLOTS=(S) ; |
| 2 | TIME time*censor(0); |
| 3 | STRATA group; |
| 4 | SYMBOL1 V=NONE COLOR=BLACK LINE=1; |
| 5 | SYMBOL2 V=NONE COLOR=BLACK LINE=2; |
| 6 | RUN; |
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