Analyse de Survie des Tumeurs Gastro-intestinales

Le script commence par créer deux jeux de données, 'renyi1' et 'renyi2', à partir de données brutes intégrées (déclaration CARDS). Chaque jeu de données contient des informations sur les jours de survie et l'état de censure. Une variable 'group' est ensuite ajoutée à chaque jeu de données pour identifier les groupes de traitement (1 pour la chimiothérapie, 2 pour la chimiothérapie + radiothérapie). Les deux jeux de données sont ensuite combinés en un seul, 'renyi'. Une PROC PRINT est utilisée pour afficher le contenu du jeu de données combiné. Enfin, PROC LIFETEST est exécutée pour effectuer l'analyse de survie, en comparant les courbes de survie des deux groupes et en générant des graphiques.

Analyse des données

Type : CREATION_INTERNE

Les données source ('renyi1' et 'renyi2') sont entièrement créées en interne dans le script SAS à l'aide de déclarations DATA et CARDS. Elles représentent des données de survie avec un identifiant, le nombre de jours de survie et un indicateur de censure.

1 Bloc de code

DATA STEP Data

Explication :
Ce bloc DATA STEP crée le jeu de données 'renyi1' en lisant des données brutes intégrées via une déclaration CARDS. Il contient un identifiant (id), les jours de survie (days) et un indicateur de censure (censor). La partie '@code_sas/@TEMPLATE.sas' dans l'instruction INPUT semble être une erreur de syntaxe ou un reste d'une intention d'inclure des données ou des variables supplémentaires d'une manière non standard, mais est ignorée lors de la lecture des données via CARDS.

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1	DATA renyi1;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	1 0 63 0 105 0 129 0 182 0 216 0 250 0 262 0 301 0 301 0 342 0 354 0
7	356 0 358 0 380 0 383 0 383 0 338 0 394 0 408 0 460 0 489 0 499 0 523 0
8	524 0 535 0 562 0 569 0 675 0 676 0 748 0 778 0 786 0 797 0 953 0 968 0
9	1000 0 1245 0 1271 0 1420 0 1551 0 1694 0 2363 0 2754 1 2950 1
10	;

2 Bloc de code

DATA STEP

Explication :
Ce bloc DATA STEP modifie le jeu de données 'renyi1' existant en lui ajoutant une nouvelle variable 'group' dont la valeur est fixée à 1 pour tous les enregistrements. Cela identifie le premier groupe de traitement (chimiothérapie).

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1	DATA renyi1; SET renyi1; group=1;

3 Bloc de code

DATA STEP Data

Explication :
Similaire au premier bloc, ce DATA STEP crée le jeu de données 'renyi2' à partir de données brutes intégrées. Il contient également un identifiant, les jours de survie et un indicateur de censure pour le deuxième groupe de traitement. La même observation concernant l'instruction INPUT s'applique ici.

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1	DATA renyi2;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	17 0 42 0 44 0 48 0 60 0 72 0 74 0 95 0 103 0 108 0 122 0 144 0
7	167 0 170 0 183 0 185 0 193 0 195 0 197 0 208 0 234 0 235 0 254 0 307 0
8	315 0 401 0 445 0 464 0 484 0 528 0 542 0 547 0 577 0 580 0 795 0 855 0
9	1366 0 1577 0 2060 0 2412 1 2486 1 2796 1 2802 1 2934 1 2988 1
10	;

4 Bloc de code

DATA STEP

Explication :
Ce bloc DATA STEP ajoute la variable 'group' avec la valeur 2 à tous les enregistrements du jeu de données 'renyi2', identifiant ainsi le deuxième groupe de traitement (chimiothérapie + radiothérapie).

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1	DATA renyi2; SET renyi2; group=2;

5 Bloc de code

DATA STEP Data

Explication :
Ce DATA STEP combine (concatène) les jeux de données 'renyi1' et 'renyi2' en un nouveau jeu de données appelé 'renyi'. Cela prépare les données pour l'analyse comparative de survie.

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1	DATA renyi; SET renyi1 renyi2;

6 Bloc de code

PROC PRINT

Explication :
Cette PROC PRINT affiche le contenu du jeu de données 'renyi' dans la fenêtre de sortie, permettant une vérification rapide des données combinées.

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1	PROC PRINT;

7 Bloc de code

PROC LIFETEST

Explication :
Cette PROC LIFETEST réalise l'analyse de survie. Elle utilise la méthode non paramétrique LIFE pour estimer la fonction de survie. Les options 'plots=(s,h)' demandent la génération de courbes de survie et de fonction de risque cumulé. L'instruction 'time days*censor(1)' spécifie que 'days' est la variable de temps et 'censor' est la variable d'événement, où '1' indique un événement (décès). L'instruction 'strata group' demande une analyse de survie séparée pour chaque niveau de la variable 'group', permettant une comparaison entre les groupes de traitement. Les instructions SYMBOL personnalisent l'apparence des courbes dans les graphiques.

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1	PROC LIFETEST method=life DATA=renyi plots=(s,h) graphics;
2	title 'Gastrointestinal Tumor Study Group (1982)';
3	title2 'Gastric cancer survival: 1=chemotherapy vs 2=chemotherapy+radiotherapy';
4	time days*censor(1);
5	strata group;
6	symbol1 v=none color=red line=1;
7	symbol3 v=none color=black line=3;
8
9
10	RUN;

8 Bloc de code

MACRO DEFINITION

Explication :
Ce bloc de code définit une macro SAS nommée 'TEMPLATE'. Il s'agit d'un modèle pour la création de nouvelles macros, incluant des sections pour la documentation, l'historique des modifications, l'utilisation, les notes, les paramètres et la gestion des erreurs. Bien que présente dans les fichiers référencés, cette macro n'est pas appelée ou exécutée par le script SAS principal, elle sert uniquement de définition ou de modèle.

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/*===================================================================== Program Name : TEMPLATE.sas Purpose : PURPOSE OF THE MACRO SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN Input Data : N/A Output Data : N/A Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER) Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT) Program Version # : 1.0 ======================================================================= Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739@yahoo.com.au) This code is licensed under the Unlicense license. For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE. ======================================================================= Modification History : Original version Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.1 Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.2 VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION): LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE DELETE REVISION HISTORY VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION): DELETE THE "Original version" TEXT ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE =====================================================================*/ /*--------------------------------------------------------------------- Usage: LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE (EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.) OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT. IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR AND HITTING F3 ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ----------------------------------------------------------------------- Notes: EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR GENERAL USAGE INFORMATION. THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE. ---------------------------------------------------------------------*/ %macro TEMPLATE /*--------------------------------------------------------------------- PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL) ---------------------------------------------------------------------*/ (PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */ ,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */ ); %local macro parmerr _data_; %let macro = &sysmacroname; %* check input parameters ; %parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */ %parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N) %if (&parmerr) %then %goto quit; %* additional error checking ; %if (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %then %do; %parmv(_msg=These two values are mutually exclusive) %goto %quit; %end; %* well commented macro code goes here ; %* Use %* or /* */ comment style for comments that do not show in MPRINT output ; %* Use * comment style for comments that show in MPRINT output ; %quit: %mend; /******* END OF FILE *******/

1	/*=====================================================================
2	Program Name : TEMPLATE.sas
3	Purpose : PURPOSE OF THE MACRO
4	SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN
5	Input Data : N/A
6	Output Data : N/A
7
8	Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO
9	SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL
10
11	Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER)
12	Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT)
13	Program Version # : 1.0
14
15	=======================================================================
16
17	Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739@yahoo.com.au)
18
19	This code is licensed under the Unlicense license.
20	For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE.
21
22	=======================================================================
23
24	Modification History : Original version
25
26	Programmer : YOUR FULL NAME
27	Date : DDMONYYYY
28	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
29	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
30	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
31	Program Version # : 1.1
32
33	Programmer : YOUR FULL NAME
34	Date : DDMONYYYY
35	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
36	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
37	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
38	Program Version # : 1.2
39
40	VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION):
41	LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE
42	DELETE REVISION HISTORY
43
44	VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION):
45	DELETE THE "Original version" TEXT
46	ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE
47
48	=====================================================================*/
49
50	/*---------------------------------------------------------------------
51	Usage:
52
53	LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE
54	TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE
55	(EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.)
56	OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE
57	SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT.
58	IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR
59	AND HITTING F3
60
61	=======================================================================
62
63	ADDITIONAL USE CASE
64
65	=======================================================================
66
67	ADDITIONAL USE CASE
68
69	-----------------------------------------------------------------------
70	Notes:
71
72	EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR
73	GENERAL USAGE INFORMATION.
74
75	THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE.
76
77	---------------------------------------------------------------------*/
78
79	%macro TEMPLATE
80	/*---------------------------------------------------------------------
81	PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL)
82	---------------------------------------------------------------------*/
83	(PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */
84	,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */
85	);
86
87	%local macro parmerr _data_;
88	%let macro = &sysmacroname;
89
90	%* check INPUT parameters ;
91	%parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */
92	%parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N)
93
94	%IF (&parmerr) %THEN %goto QUIT;
95
96	%* additional error checking ;
97	%IF (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %THEN %DO;
98	%parmv(_msg=These two values are mutually exclusive)
99	%goto %QUIT;
100	%END;
101
102	%* well commented macro code goes here ;
103
104	%* Use %* or /* */ comment style for comments that DO not show in MPRINT OUTPUT ;
105	%* Use * comment style for comments that show in MPRINT OUTPUT ;
106
107	%QUIT:
108
109	%mend;
110
111	/***** END OF FILE *****/

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