Le script crée un jeu de données interne contenant les temps de survie, l'indicateur de censure, le stade de la maladie et l'âge. Il génère des variables indicatrices pour les stades. La procédure PHREG est utilisée pour modéliser le risque en fonction du stade et de l'âge, avec des tests d'hypothèses linéaires (Wald) pour comparer les différents stades. Enfin, la procédure LIFETEST génère les courbes de survie de Kaplan-Meier et les courbes de risque stratifiées par stade.
Analyse des données
Type : CREATION_INTERNE
Les données sont définies directement dans le script (datalines) et concernent des temps de décès, censure, stade et âge au diagnostic.
1 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Création du jeu de données 'ex1_8b' contenant les informations cliniques. Les variables sont le temps, la censure, le stade, l'âge et l'année du diagnostic.
Création du jeu de données 'ex1_8b' contenant les informations cliniques. Les variables sont le temps, la censure, le stade, l'âge et l'année du diagnostic.
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| 1 | DATA ex1_8b; |
| 2 | INPUT time censor stage age_diag yr_diag; |
| 3 | lines; |
| 4 | 0.6 1 1 77 76 |
| 5 | 1.3 1 1 53 71 |
| 6 | 2.4 1 1 45 71 |
| 7 | /* ... données tronquées pour l'affichage ... */ |
| 8 | 4.3 0 4 48 76 |
| 9 | ; |
2 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Étape de préparation des données : création de variables indicatrices (dummy variables) 'stage2', 'stage3', 'stage4' pour représenter les niveaux catégoriels de la variable 'stage' dans les modèles de régression.
Étape de préparation des données : création de variables indicatrices (dummy variables) 'stage2', 'stage3', 'stage4' pour représenter les niveaux catégoriels de la variable 'stage' dans les modèles de régression.
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| 1 | DATA ex1_8b; SET ex1_8b; |
| 2 | title 'Example 1.8, page 9 data -- Death Times of Male Laryngeal Cancer Patients'; |
| 3 | title3 'Proportional Hazards Regression Model -- Local Tests'; |
| 4 | stage2=(stage=2); |
| 5 | stage3=(stage=3); |
| 6 | stage4=(stage=4); |
| 7 | RUN; |
3 Bloc de code
PROC PRINT
Explication :
Affiche le contenu du jeu de données préparé pour vérification.
Affiche le contenu du jeu de données préparé pour vérification.
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| 1 | PROC PRINT DATA=ex1_8b; |
| 2 | RUN; |
4 Bloc de code
PROC PHREG
Explication :
Modèle de Cox incluant l'âge et les indicateurs de stade. Des instructions TEST sont utilisées pour tester l'effet global du stade (no_stage) et effectuer des comparaisons par paires entre les stades.
Modèle de Cox incluant l'âge et les indicateurs de stade. Des instructions TEST sont utilisées pour tester l'effet global du stade (no_stage) et effectuer des comparaisons par paires entre les stades.
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| 1 | PROC PHREG DATA=ex1_8b; |
| 2 | model time*censor(0) = stage2-stage4 age_diag; |
| 3 | no_stage:test stage2,stage3,stage4; |
| 4 | st2_st3: test stage2=stage3; |
| 5 | st2_st4: test stage2=stage4; |
| 6 | st3_st4: test stage3=stage4; |
| 7 | RUN; |
5 Bloc de code
PROC PHREG
Explication :
Second modèle de Cox incluant uniquement les indicateurs de stade (sans l'âge), avec tests d'égalité entre les coefficients des différents stades.
Second modèle de Cox incluant uniquement les indicateurs de stade (sans l'âge), avec tests d'égalité entre les coefficients des différents stades.
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| 1 | PROC PHREG DATA=ex1_8b; |
| 2 | model time*censor(0) = stage2-stage4; |
| 3 | test stage2=stage3; |
| 4 | test stage3=stage4; |
| 5 | test stage2=stage4; |
| 6 | RUN; |
6 Bloc de code
PROC LIFETEST
Explication :
Analyse non paramétrique de la survie (méthode actuarielle/Life-Table ou Kaplan-Meier selon les options par défaut si method=life n'est pas spécifié, ici 'method=life' demande la méthode actuarielle). Produit des graphiques de la fonction de survie (s) et de risque (h), stratifiés par stade.
Analyse non paramétrique de la survie (méthode actuarielle/Life-Table ou Kaplan-Meier selon les options par défaut si method=life n'est pas spécifié, ici 'method=life' demande la méthode actuarielle). Produit des graphiques de la fonction de survie (s) et de risque (h), stratifiés par stade.
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| 1 | PROC LIFETEST DATA=ex1_8b method=life plots=(s,h) graphics; |
| 2 | time time*censor(0); |
| 3 | strata stage; |
| 4 | symbol1 v=none color=red line=1; |
| 5 | symbol2 v=none color=blue line=2; |
| 6 | symbol3 v=none color=green line=3; |
| 7 | RUN; |
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Le Conseil de l'Expert
Simon
Expert SAS et fondateur.
« L'analyse de survie, illustrée ici par l'étude du cancer du larynx, repose sur une dualité analytique fondamentale : la modélisation semi-paramétrique avec la PROC PHREG et l'estimation non paramétrique avec la PROC LIFETEST. L'intérêt majeur du modèle de Cox (PHREG) réside dans sa capacité à isoler l'effet de chaque stade de la maladie tout en ajustant les résultats selon l'âge du diagnostic. En utilisant des variables indicatrices (dummy variables) et l'instruction TEST, vous pouvez réaliser des comparaisons de Wald rigoureuses pour déterminer si le risque relatif diffère significativement entre, par exemple, le stade 2 et le stade 3, offrant ainsi une vision précise de la progression clinique. »