Le script commence par créer un jeu de données nommé 'diallel'. Il simule les données de temps de floraison pour des croisements entre 8 lignées parentales différentes, réparties en deux blocs. Une particularité est la création d'une variable 'sym' pour identifier les croisements réciproques. Ensuite, la procédure `PROC GLIMMIX` est utilisée pour ajuster un modèle statistique. Le modèle définit 'block' comme un effet fixe et plusieurs effets aléatoires, notamment un effet multi-membre 'line' construit à partir des parents 'p' et 'm' grâce à l'instruction `EFFECT`. Finalement, PROC PRINT est utilisé pour afficher une partie de la matrice de plan (design matrix) des effets aléatoires générée par GLIMMIX.
Analyse des données
Type : CREATION_INTERNE
Les données sont entièrement générées dans le premier DATA step. Une boucle `do` structure les croisements et l'instruction `INPUT` lit les valeurs de temps de floraison directement depuis les `datalines` intégrées au code.
1 Bloc de code
DATA STEP Data
Explication :
Ce bloc DATA STEP construit la table 'diallel'. Il utilise des boucles imbriquées pour générer toutes les combinaisons de croisements entre 8 parents ('p' et 'm'). Les données de la variable 'time' sont lues à partir des lignes de données internes (datalines) en utilisant l'indicateur '@@' pour lire plusieurs observations sur une même ligne.
Ce bloc DATA STEP construit la table 'diallel'. Il utilise des boucles imbriquées pour générer toutes les combinaisons de croisements entre 8 parents ('p' et 'm'). Les données de la variable 'time' sont lues à partir des lignes de données internes (datalines) en utilisant l'indicateur '@@' pour lire plusieurs observations sur une même ligne.
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| 1 | DATA diallel; |
| 2 | label time = 'Flowering time in days'; |
| 3 | DO p = 1 to 8; |
| 4 | DO m = 1 to 8; |
| 5 | IF (m ne p) THEN DO; |
| 6 | sym = trim(left(min(m,p))) || ',' || trim(left(max(m,p))); |
| 7 | DO block = 1 to 2; |
| 8 | INPUT time @@; |
| 9 | OUTPUT; |
| 10 | END; |
| 11 | END; |
| 12 | END; |
| 13 | END; |
| 14 | DATALINES; |
| 15 | 14.4 16.2 27.2 30.8 17.2 27.0 18.3 20.2 16.2 16.8 18.6 14.4 16.4 16.0 |
| 16 | 15.4 16.5 14.8 14.6 18.6 18.6 15.2 15.3 17.0 15.2 14.4 14.8 10.8 13.2 |
| 17 | 31.8 30.4 21.0 23.0 24.6 25.4 19.2 20.0 29.8 28.4 12.8 14.2 13.0 14.4 |
| 18 | 16.2 17.8 11.4 13.0 16.8 16.3 12.4 14.2 16.8 14.8 12.6 12.2 9.6 11.2 |
| 19 | 14.6 18.8 12.2 13.6 15.2 15.4 15.2 13.8 18.0 16.0 10.4 12.2 13.4 20.0 |
| 20 | 20.2 23.4 14.2 14.0 18.6 14.8 22.2 17.0 14.3 17.3 9.0 10.2 11.8 12.8 |
| 21 | 14.0 16.6 12.2 9.2 13.6 16.2 13.8 14.4 15.6 15.6 15.6 11.0 13.0 9.8 |
| 22 | 15.2 17.2 10.0 11.6 17.0 18.2 20.8 20.8 20.0 17.4 17.0 12.6 13.0 9.8 |
| 23 | ; |
| 24 | RUN; |
2 Bloc de code
PROC GLIMMIX
Explication :
Ce bloc utilise la procédure GLIMMIX pour l'analyse statistique. 'class' définit les variables de classification. L'instruction `effect line = mm(p m)` crée un effet multi-membre 'line' à partir des variables 'p' et 'm'. Le modèle est défini avec 'time' comme variable dépendante, 'block' comme effet fixe, et 'line', 'sym', 'p', 'm' et leur interaction 'p*m' comme effets aléatoires. L'option `outdesign(z)=zmat` sauvegarde la matrice de plan des effets aléatoires dans une table 'zmat'.
Ce bloc utilise la procédure GLIMMIX pour l'analyse statistique. 'class' définit les variables de classification. L'instruction `effect line = mm(p m)` crée un effet multi-membre 'line' à partir des variables 'p' et 'm'. Le modèle est défini avec 'time' comme variable dépendante, 'block' comme effet fixe, et 'line', 'sym', 'p', 'm' et leur interaction 'p*m' comme effets aléatoires. L'option `outdesign(z)=zmat` sauvegarde la matrice de plan des effets aléatoires dans une table 'zmat'.
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| 1 | PROC GLIMMIX DATA=diallel outdesign(z)=zmat; |
| 2 | class block sym p m; |
| 3 | effect line = mm(p m); |
| 4 | model time = block; |
| 5 | random line sym p m p*m; |
| 6 | RUN; |
3 Bloc de code
PROC PRINT
Explication :
Ce bloc affiche les 10 premières observations de la table 'zmat' (créée par PROC GLIMMIX) où la variable 'block' est égale à 1. Il imprime les variables 'p', 'm', 'time' et les 8 premières colonnes de la matrice de plan des effets aléatoires (_z1 à _z8).
Ce bloc affiche les 10 premières observations de la table 'zmat' (créée par PROC GLIMMIX) où la variable 'block' est égale à 1. Il imprime les variables 'p', 'm', 'time' et les 8 premières colonnes de la matrice de plan des effets aléatoires (_z1 à _z8).
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| 1 | |
| 2 | PROC PRINT |
| 3 | DATA=zmat(where=(block=1) obs=10); |
| 4 | var p m time _z1-_z8; |
| 5 | RUN; |
| 6 |
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