Análisis de Supervivencia de Tumores Gastrointestinales

El script comienza creando dos conjuntos de datos, 'renyi1' y 'renyi2', a partir de datos brutos integrados (declaración CARDS). Cada conjunto de datos contiene información sobre los días de supervivencia y el estado de censura. Luego se agrega una variable 'group' a cada conjunto de datos para identificar los grupos de tratamiento (1 para quimioterapia, 2 para quimioterapia + radioterapia). Los dos conjuntos de datos se combinan luego en uno solo, 'renyi'. Se utiliza una PROC PRINT para mostrar el contenido del conjunto de datos combinado. Finalmente, se ejecuta PROC LIFETEST para realizar el análisis de supervivencia, comparando las curvas de supervivencia de los dos grupos y generando gráficos.

Análisis de datos

Type : CREATION_INTERNE

Los datos de origen ('renyi1' y 'renyi2') se crean completamente internamente en el script SAS utilizando declaraciones DATA y CARDS. Representan datos de supervivencia con un identificador, el número de días de supervivencia y un indicador de censura.

1 Bloque de código

DATA STEP Data

Explicación :
Este bloque DATA STEP crea el conjunto de datos 'renyi1' leyendo datos brutos integrados a través de una declaración CARDS. Contiene un identificador (id), los días de supervivencia (days) y un indicador de censura (censor). La parte ' @code_sas/@TEMPLATE.sas' en la instrucción INPUT parece ser un error de sintaxis o un remanente de una intención de incluir datos o variables adicionales de una manera no estándar, pero se ignora al leer los datos a través de CARDS.

¡Copiado!

1	DATA renyi1;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	1 0 63 0 105 0 129 0 182 0 216 0 250 0 262 0 301 0 301 0 342 0 354 0
7	356 0 358 0 380 0 383 0 383 0 338 0 394 0 408 0 460 0 489 0 499 0 523 0
8	524 0 535 0 562 0 569 0 675 0 676 0 748 0 778 0 786 0 797 0 953 0 968 0
9	1000 0 1245 0 1271 0 1420 0 1551 0 1694 0 2363 0 2754 1 2950 1
10	;

2 Bloque de código

DATA STEP

Explicación :
Este bloque DATA STEP modifica el conjunto de datos 'renyi1' existente añadiéndole una nueva variable 'group' cuyo valor se fija en 1 para todos los registros. Esto identifica el primer grupo de tratamiento (quimioterapia).

¡Copiado!

1	DATA renyi1; SET renyi1; group=1;

3 Bloque de código

DATA STEP Data

Explicación :
Similar al primer bloque, este DATA STEP crea el conjunto de datos 'renyi2' a partir de datos brutos integrados. También contiene un identificador, los días de supervivencia y un indicador de censura para el segundo grupo de tratamiento. La misma observación sobre la instrucción INPUT se aplica aquí.

¡Copiado!

1	DATA renyi2;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	17 0 42 0 44 0 48 0 60 0 72 0 74 0 95 0 103 0 108 0 122 0 144 0
7	167 0 170 0 183 0 185 0 193 0 195 0 197 0 208 0 234 0 235 0 254 0 307 0
8	315 0 401 0 445 0 464 0 484 0 528 0 542 0 547 0 577 0 580 0 795 0 855 0
9	1366 0 1577 0 2060 0 2412 1 2486 1 2796 1 2802 1 2934 1 2988 1
10	;

4 Bloque de código

DATA STEP

Explicación :
Este bloque DATA STEP añade la variable 'group' con el valor 2 a todos los registros del conjunto de datos 'renyi2', identificando así el segundo grupo de tratamiento (quimioterapia + radioterapia).

¡Copiado!

1	DATA renyi2; SET renyi2; group=2;

5 Bloque de código

DATA STEP Data

Explicación :
Este DATA STEP combina (concatena) los conjuntos de datos 'renyi1' y 'renyi2' en un nuevo conjunto de datos llamado 'renyi'. Esto prepara los datos para el análisis comparativo de supervivencia.

¡Copiado!

1	DATA renyi; SET renyi1 renyi2;

6 Bloque de código

PROC PRINT

Explicación :
Esta PROC PRINT muestra el contenido del conjunto de datos 'renyi' en la ventana de salida, permitiendo una verificación rápida de los datos combinados.

¡Copiado!

1	PROC PRINT;

7 Bloque de código

PROC LIFETEST

Explicación :
Esta PROC LIFETEST realiza el análisis de supervivencia. Utiliza el método no paramétrico LIFE para estimar la función de supervivencia. Las opciones 'plots=(s,h)' solicitan la generación de curvas de supervivencia y de función de riesgo acumulado. La instrucción 'time days*censor(1)' especifica que 'days' es la variable de tiempo y 'censor' es la variable de evento, donde '1' indica un evento (muerte). La instrucción 'strata group' solicita un análisis de supervivencia separado para cada nivel de la variable 'group', permitiendo una comparación entre los grupos de tratamiento. Las instrucciones SYMBOL personalizan la apariencia de las curvas en los gráficos.

¡Copiado!

1	PROC LIFETEST method=life DATA=renyi plots=(s,h) graphics;
2	title 'Gastrointestinal Tumor Study Group (1982)';
3	title2 'Gastric cancer survival: 1=chemotherapy vs 2=chemotherapy+radiotherapy';
4	time days*censor(1);
5	strata group;
6	symbol1 v=none color=red line=1;
7	symbol3 v=none color=black line=3;
8
9
10	RUN;

8 Bloque de código

MACRO DEFINITION

Explicación :
Este bloque de código define una macro SAS llamada 'TEMPLATE'. Es una plantilla para la creación de nuevas macros, que incluye secciones para la documentación, el historial de modificaciones, el uso, las notas, los parámetros y la gestión de errores. Aunque presente en los archivos referenciados, esta macro no es llamada ni ejecutada por el script SAS principal, sirviendo únicamente como definición o plantilla.

¡Copiado!

/*===================================================================== Program Name : TEMPLATE.sas Purpose : PURPOSE OF THE MACRO SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN Input Data : N/A Output Data : N/A Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER) Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT) Program Version # : 1.0 ======================================================================= Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739 @yahoo.com.au) This code is licensed under the Unlicense license. For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE. ======================================================================= Modification History : Original version Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.1 Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.2 VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION): LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE DELETE REVISION HISTORY VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION): DELETE THE "Original version" TEXT ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE =====================================================================*/ /*--------------------------------------------------------------------- Usage: LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE (EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.) OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT. IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR AND HITTING F3 ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ----------------------------------------------------------------------- Notes: EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR GENERAL USAGE INFORMATION. THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE. ---------------------------------------------------------------------*/ %macro TEMPLATE /*--------------------------------------------------------------------- PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL) ---------------------------------------------------------------------*/ (PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */ ,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */ ); %local macro parmerr _data_; %let macro = &sysmacroname; %* check input parameters ; %parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */ %parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N) %if (&parmerr) %then %goto quit; %* additional error checking ; %if (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %then %do; %parmv(_msg=These two values are mutually exclusive) %goto %quit; %end; %* well commented macro code goes here ; %* Use %* or /* */ comment style for comments that do not show in MPRINT output ; %* Use * comment style for comments that show in MPRINT output ; %quit: %mend; /******* END OF FILE *******/

1	/*=====================================================================
2	Program Name : TEMPLATE.sas
3	Purpose : PURPOSE OF THE MACRO
4	SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN
5	Input Data : N/A
6	Output Data : N/A
7
8	Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO
9	SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL
10
11	Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER)
12	Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT)
13	Program Version # : 1.0
14
15	=======================================================================
16
17	Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739 @yahoo.com.au)
18
19	This code is licensed under the Unlicense license.
20	For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE.
21
22	=======================================================================
23
24	Modification History : Original version
25
26	Programmer : YOUR FULL NAME
27	Date : DDMONYYYY
28	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
29	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
30	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
31	Program Version # : 1.1
32
33	Programmer : YOUR FULL NAME
34	Date : DDMONYYYY
35	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
36	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
37	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
38	Program Version # : 1.2
39
40	VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION):
41	LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE
42	DELETE REVISION HISTORY
43
44	VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION):
45	DELETE THE "Original version" TEXT
46	ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE
47
48	=====================================================================*/
49
50	/*---------------------------------------------------------------------
51	Usage:
52
53	LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE
54	TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE
55	(EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.)
56	OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE
57	SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT.
58	IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR
59	AND HITTING F3
60
61	=======================================================================
62
63	ADDITIONAL USE CASE
64
65	=======================================================================
66
67	ADDITIONAL USE CASE
68
69	-----------------------------------------------------------------------
70	Notes:
71
72	EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR
73	GENERAL USAGE INFORMATION.
74
75	THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE.
76
77	---------------------------------------------------------------------*/
78
79	%macro TEMPLATE
80	/*---------------------------------------------------------------------
81	PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL)
82	---------------------------------------------------------------------*/
83	(PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */
84	,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */
85	);
86
87	%local macro parmerr _data_;
88	%let macro = &sysmacroname;
89
90	%* check INPUT parameters ;
91	%parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */
92	%parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N)
93
94	%IF (&parmerr) %THEN %goto QUIT;
95
96	%* additional error checking ;
97	%IF (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %THEN %DO;
98	%parmv(_msg=These two values are mutually exclusive)
99	%goto %QUIT;
100	%END;
101
102	%* well commented macro code goes here ;
103
104	%* Use %* or /* */ comment style for comments that DO not show in MPRINT OUTPUT ;
105	%* Use * comment style for comments that show in MPRINT OUTPUT ;
106
107	%QUIT:
108
109	%mend;
110
111	/***** END OF FILE *****/

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