Überlebensanalyse gastrointestinaler Tumoren

Der Skript beginnt mit der Erstellung von zwei Datensätzen, 'renyi1' und 'renyi2', aus eingebetteten Rohdaten (CARDS-Anweisung). Jeder Datensatz enthält Informationen über Überlebenstage und Zensurstatus. Anschließend wird jedem Datensatz eine Variable 'group' hinzugefügt, um die Behandlungsgruppen zu identifizieren (1 für Chemotherapie, 2 für Chemotherapie + Strahlentherapie). Die beiden Datensätze werden dann zu einem einzigen, 'renyi', zusammengeführt. Eine PROC PRINT wird verwendet, um den Inhalt des kombinierten Datensatzes anzuzeigen. Schließlich wird PROC LIFETEST ausgeführt, um die Überlebensanalyse durchzuführen, die Überlebenskurven der beiden Gruppen zu vergleichen und Grafiken zu erstellen.

Datenanalyse

Type : CREATION_INTERNE

Die Quelldaten ('renyi1' und 'renyi2') werden vollständig intern im SAS-Skript mithilfe von DATA- und CARDS-Anweisungen erstellt. Sie stellen Überlebensdaten mit einer Kennung, der Anzahl der Überlebenstage und einem Zensierungsindikator dar.

1 Codeblock

DATA STEP Data

Erklärung :
Dieser DATA STEP-Block erstellt den Datensatz 'renyi1', indem er eingebettete Rohdaten über eine CARDS-Anweisung liest. Er enthält eine Kennung (id), Überlebenstage (days) und einen Zensierungsindikator (censor). Der Teil ' @code_sas/@TEMPLATE.sas' in der INPUT-Anweisung scheint ein Syntaxfehler oder ein Überbleibsel einer Absicht zu sein, zusätzliche Daten oder Variablen auf unübliche Weise einzuschließen, wird aber beim Lesen der Daten über CARDS ignoriert.

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1	DATA renyi1;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	1 0 63 0 105 0 129 0 182 0 216 0 250 0 262 0 301 0 301 0 342 0 354 0
7	356 0 358 0 380 0 383 0 383 0 338 0 394 0 408 0 460 0 489 0 499 0 523 0
8	524 0 535 0 562 0 569 0 675 0 676 0 748 0 778 0 786 0 797 0 953 0 968 0
9	1000 0 1245 0 1271 0 1420 0 1551 0 1694 0 2363 0 2754 1 2950 1
10	;

2 Codeblock

DATA STEP

Erklärung :
Dieser DATA STEP-Block ändert den bestehenden Datensatz 'renyi1', indem er eine neue Variable 'group' hinzufügt, deren Wert für alle Datensätze auf 1 gesetzt ist. Dies kennzeichnet die erste Behandlungsgruppe (Chemotherapie).

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1	DATA renyi1; SET renyi1; group=1;

3 Codeblock

DATA STEP Data

Erklärung :
Ähnlich dem ersten Block erstellt dieser DATA STEP den Datensatz 'renyi2' aus eingebetteten Rohdaten. Er enthält ebenfalls eine ID, Überlebenstage und einen Zensierungsindikator für die zweite Behandlungsgruppe. Die gleiche Anmerkung bezüglich der INPUT-Anweisung gilt hier.

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1	DATA renyi2;
2	DO id=1 to 45;
3	INPUT days censor @code_sas/@TEMPLATE.sas; OUTPUT;
4	END;
5	CARDS;
6	17 0 42 0 44 0 48 0 60 0 72 0 74 0 95 0 103 0 108 0 122 0 144 0
7	167 0 170 0 183 0 185 0 193 0 195 0 197 0 208 0 234 0 235 0 254 0 307 0
8	315 0 401 0 445 0 464 0 484 0 528 0 542 0 547 0 577 0 580 0 795 0 855 0
9	1366 0 1577 0 2060 0 2412 1 2486 1 2796 1 2802 1 2934 1 2988 1
10	;

4 Codeblock

DATA STEP

Erklärung :
Dieser DATA STEP Block fügt allen Datensätzen des Datensatzes 'renyi2' die Variable 'group' mit dem Wert 2 hinzu und identifiziert somit die zweite Behandlungsgruppe (Chemotherapie + Strahlentherapie).

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1	DATA renyi2; SET renyi2; group=2;

5 Codeblock

DATA STEP Data

Erklärung :
Dieser DATA STEP kombiniert (verkettet) die Datensätze 'renyi1' und 'renyi2' zu einem neuen Datensatz namens 'renyi'. Dies bereitet die Daten für die vergleichende Überlebenszeitanalyse vor.

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1	DATA renyi; SET renyi1 renyi2;

6 Codeblock

PROC PRINT

Erklärung :
Diese PROC PRINT zeigt den Inhalt des Datensatzes 'renyi' im Ausgabefenster an, was eine schnelle Überprüfung der kombinierten Daten ermöglicht.

Kopiert!

1	PROC PRINT;

7 Codeblock

PROC LIFETEST

Erklärung :
Diese PROC LIFETEST führt eine Überlebenszeitanalyse durch. Sie verwendet die nicht-parametrische LIFE-Methode zur Schätzung der Überlebensfunktion. Die Optionen 'plots=(s,h)' fordern die Erstellung von Überlebenskurven und kumulativen Hazardfunktionen an. Die Anweisung 'time days*censor(1)' spezifiziert, dass 'days' die Zeitvariable und 'censor' die Ereignisvariable ist, wobei '1' ein Ereignis (Tod) anzeigt. Die Anweisung 'strata group' fordert eine separate Überlebenszeitanalyse für jede Stufe der Variable 'group' an, was einen Vergleich zwischen den Behandlungsgruppen ermöglicht. Die SYMBOL-Anweisungen passen das Erscheinungsbild der Kurven in den Diagrammen an.

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1	PROC LIFETEST method=life DATA=renyi plots=(s,h) graphics;
2	title 'Gastrointestinal Tumor Study Group (1982)';
3	title2 'Gastric cancer survival: 1=chemotherapy vs 2=chemotherapy+radiotherapy';
4	time days*censor(1);
5	strata group;
6	symbol1 v=none color=red line=1;
7	symbol3 v=none color=black line=3;
8
9
10	RUN;

8 Codeblock

MACRO DEFINITION

Erklärung :
Dieser Codeblock definiert ein SAS-Makro namens 'TEMPLATE'. Es ist eine Vorlage für die Erstellung neuer Makros, die Abschnitte für Dokumentation, Änderungsverlauf, Verwendung, Hinweise, Parameter und Fehlerbehandlung enthält. Obwohl in den referenzierten Dateien vorhanden, wird dieses Makro vom Haupt-SAS-Skript nicht aufgerufen oder ausgeführt, sondern dient lediglich als Definition oder Modell.

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/*===================================================================== Program Name : TEMPLATE.sas Purpose : PURPOSE OF THE MACRO SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN Input Data : N/A Output Data : N/A Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER) Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT) Program Version # : 1.0 ======================================================================= Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739 @yahoo.com.au) This code is licensed under the Unlicense license. For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE. ======================================================================= Modification History : Original version Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.1 Programmer : YOUR FULL NAME Date : DDMONYYYY Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE. ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF (INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS) Program Version # : 1.2 VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION): LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE DELETE REVISION HISTORY VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION): DELETE THE "Original version" TEXT ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE =====================================================================*/ /*--------------------------------------------------------------------- Usage: LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE (EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.) OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT. IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR AND HITTING F3 ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ======================================================================= ADDITIONAL USE CASE ----------------------------------------------------------------------- Notes: EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR GENERAL USAGE INFORMATION. THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE. ---------------------------------------------------------------------*/ %macro TEMPLATE /*--------------------------------------------------------------------- PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL) ---------------------------------------------------------------------*/ (PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */ ,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */ ); %local macro parmerr _data_; %let macro = &sysmacroname; %* check input parameters ; %parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */ %parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N) %if (&parmerr) %then %goto quit; %* additional error checking ; %if (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %then %do; %parmv(_msg=These two values are mutually exclusive) %goto %quit; %end; %* well commented macro code goes here ; %* Use %* or /* */ comment style for comments that do not show in MPRINT output ; %* Use * comment style for comments that show in MPRINT output ; %quit: %mend; /******* END OF FILE *******/

1	/*=====================================================================
2	Program Name : TEMPLATE.sas
3	Purpose : PURPOSE OF THE MACRO
4	SAS Version : SAS VERSION WHEN THE MACRO WAS ORIGINALLY WRITTEN
5	Input Data : N/A
6	Output Data : N/A
7
8	Macros Called : LIST ANY UTILITY MACROS CALLED BY THIS MACRO
9	SO THEY CAN BE ADDED TO THE SASAUTOS LIBRARY AS WELL
10
11	Originally Written by : YOUR FULL NAME (NOT INITIALS - MAKE IT EASY TO FIND YOU LATER)
12	Date : TODAYs DATE IN DDMONYYYY FORMAT (INTERNATIONLALLY UNAMBIGUOUS DATE FORMAT)
13	Program Version # : 1.0
14
15	=======================================================================
16
17	Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739 @yahoo.com.au)
18
19	This code is licensed under the Unlicense license.
20	For more information, please refer to http://unlicense.org/UNLICENSE.
21
22	=======================================================================
23
24	Modification History : Original version
25
26	Programmer : YOUR FULL NAME
27	Date : DDMONYYYY
28	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
29	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
30	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
31	Program Version # : 1.1
32
33	Programmer : YOUR FULL NAME
34	Date : DDMONYYYY
35	Change/reason : SUMMARY OF CODE CHANGE.
36	ADD COMMENTS IN THE CODE ITSELF
37	(INCLUDING NAME AND DATE) FOR ADDITIONAL DETAILS)
38	Program Version # : 1.2
39
40	VERSION 1.0 (ORIGINAL VERSION):
41	LEAVE "Original version" TEXT IN PLACE
42	DELETE REVISION HISTORY
43
44	VERSION 1.1+ (MODIFIED VERSION):
45	DELETE THE "Original version" TEXT
46	ADD THE REVISION HISTORY PER ABOVE TEMPLATE
47
48	=====================================================================*/
49
50	/*---------------------------------------------------------------------
51	Usage:
52
53	LIST MACRO USE CASE / UNIT TESTS HERE
54	TRY TO USE UNIVERSALLY AVAILABLE SOURCE DATA IF POSSIBLE
55	(EG. SASHELP DATASETS, C:\WINDOWS, /USR/LOCAL, ETC.)
56	OR ELSE CREATE SIMPLE TEST DATA INLINE
57	SO THE END USER CAN RUN THE USE CASE WITHOUT FURTHER SETUP OR EFFORT.
58	IDEALLY THE TEST CASES RUN BY HIGHLIGHTING THE TEXT IN THE SAS EDITOR
59	AND HITTING F3
60
61	=======================================================================
62
63	ADDITIONAL USE CASE
64
65	=======================================================================
66
67	ADDITIONAL USE CASE
68
69	-----------------------------------------------------------------------
70	Notes:
71
72	EXPLANATORY NOTES HERE, THAT EXPLAIN DESIGN DECISIONS OR
73	GENERAL USAGE INFORMATION.
74
75	THESE ARE NOTES THAT GO BEYOND COMMENTS WITHIN THE MACRO CODE.
76
77	---------------------------------------------------------------------*/
78
79	%macro TEMPLATE
80	/*---------------------------------------------------------------------
81	PURPOSE OF THE MACRO (REDUNDANT BUT NICE TO HAVE HERE AS WELL)
82	---------------------------------------------------------------------*/
83	(PARM1 /* PARM1 EXPLANATION (REQ). */
84	,PARM2=default /* PARM2 EXPLANATION (Opt). Default is "default" */
85	);
86
87	%local macro parmerr _data_;
88	%let macro = &sysmacroname;
89
90	%* check INPUT parameters ;
91	%parmv(PARM1, _req=1,_words=1,_case=N) /* words allows ds options */
92	%parmv(PARM2, _req=0,_words=0,_case=N)
93
94	%IF (&parmerr) %THEN %goto QUIT;
95
96	%* additional error checking ;
97	%IF (&parm1 eq FOO and %superq(parm2) eq BAR) %THEN %DO;
98	%parmv(_msg=These two values are mutually exclusive)
99	%goto %QUIT;
100	%END;
101
102	%* well commented macro code goes here ;
103
104	%* Use %* or /* */ comment style for comments that DO not show in MPRINT OUTPUT ;
105	%* Use * comment style for comments that show in MPRINT OUTPUT ;
106
107	%QUIT:
108
109	%mend;
110
111	/***** END OF FILE *****/

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Urheberrechtsinformationen : Copyright (c) 2016 Scott Bass (sas_l_739 @yahoo.com.au). Dieser Code steht unter der Unlicense-Lizenz. Weitere Informationen finden Sie unter http://unlicense.org/UNLICENSE.

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