Geschäftskontext
In der Bioinformatik werden Protein-Interaktions-Netzwerke analysiert. Forscher sind speziell an Komplexen interessiert, die aus genau 4 bis 5 Proteinen bestehen, da diese oft spezifische biologische Funktionen haben. Kleinere oder größere Gruppen sind für diese spezielle Studie Rauschen.
Über das Set : optNetwork
Netzwerkanalyse und Graphenalgorithmen.
Entdecken Sie alle Aktionen von optNetwork Datenaufbereitung
Erstellung eines biologischen Netzwerks mit spezifischen Cluster-Strukturen.
Kopiert!
| 1 | DATA mycas.protein_interaktionen; |
| 2 | INPUT p1 $ p2 $; |
| 3 | DATALINES; |
| 4 | P1 P2 P1 P3 P1 P4 |
| 5 | P2 P3 P2 P4 |
| 6 | P3 P4 |
| 7 | P5 P6 |
| 8 | P6 P7 |
| 9 | P8 P9 P8 P10 P8 P11 |
| 10 | P9 P10 P9 P11 |
| 11 | P10 P11 |
| 12 | P8 P12 |
| 13 | ; |
| 14 | RUN; |
Étapes de réalisation
1
Laden des Action-Sets.
Kopiert!
| 1 | PROC CAS; |
| 2 | LOADACTIONSET 'optNetwork'; |
| 3 | RUN; |
2
Ausführung mit strengen Filtern für die Cliquengröße.
Kopiert!
| 1 | PROC CAS; |
| 2 | optNetwork.clique / |
| 3 | links={name='protein_interaktionen'} |
| 4 | minSize=4 |
| 5 | maxSize=5 |
| 6 | maxCliques='ALL' |
| 7 | out={name='relevante_komplexe', replace=true}; |
| 8 | RUN; |
Erwartetes Ergebnis
Die Ergebnistabelle 'relevante_komplexe' darf nur Cliquen enthalten, die zwischen 4 und 5 Proteine umfassen (hier speziell {P1, P2, P3, P4} und {P8, P9, P10, P11}). Die Verbindung zu P12, die die Clique vergrößern könnte aber nicht voll vernetzt ist, oder kleinere Paare wie {P5, P6} werden ignoriert.